เรื่องราวในดินแดน Terra เหล่าประชากรต้องพบเจอกับภัยธรรมชาติที่ไม่ทราบสาเหตุ ทำให้ประชากรส่วนใหญ่ต้องย้ายถิ่นฐานมาอาศัยในเมืองอื่น และทิ้งแหล่งพลังงานมหาศาลจากแร่ Originium ไว้หลังจากเกิดภัยธรรมชาติ Arknights Reimei Zensou เพราะว่ามันสามารถทำให้เกิดโรค Oripathy ที่ไม่สามารถรักษาหายได้ และถูกกดขี่จากสังคม ทำให้มีกลุ่มผู้ติดเชื้อ ลางส่วนตั้งกลุ่ม Reunion ขึ้นมาเพื่อไม่ต่อต้านการถูกกดขี่จากสังคม และนั่นทำให้เกิดองค์กร Rhodes Island ขึ้นมาเพื่อต่อสู้กับโรคนี้โดยการพยายามหาทางรักษาหรือชะลออาการให้มากที่สุด