ปี 2199 โลกถูกรุกรานโดยชาวกามิลัส จากการต่อสู้กันทำให้พื้นผิวของโลกไม่เหมาะที่จะอยู่อาศัยอีกต่อไป มนุษยชาติต้องอพยพลงไปอยู่ใต้ดิน เหลือเวลาอีกเพียง 1 ปีมนุษย์จะสูญพันธุ์ ทางรอดสุดท้ายของมนุษย์คือเดินทางไปยังดาวอิสแกนดาเพื่อไปเอาเครื่องกำจัดรังสีมาฟื้นฟูโลก ด้วยความช่วยเหลือจากชาวอิสแกนดา มนุษย์ได้ดัดแปลงเรือประจัญบานยามาโตะที่ถูกยิงจมสมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 ให้กลายเป็นเรืออวกาศเพื่อปฏิบัติครั้งนี้ให้สำเร็จ ล่องอวกาศไปยังดินแดนที่ไม่เคยมีมนุษย์คนใดเคยไปถึงมาก่อน ความหวังสุดท้ายของโลกขึ้นอยู่กับการเดินทางครั้งนี้